A legtöbb tóban a fonalas algák jelentik a leggyakoribb problémát. Ősidők óta a vízi ökoszisztémához tartozik, mivel ez volt az egyik első élőlény a vízben. Amikor a fonalas algák elszaporodnak, az nem csak a szemnek nem kellemes, hanem a halakra is veszélyes lehet, ugyanis éles pH- és oxigéntartalom-ingadozások tapasztalhatók.
Természetes úton a fonalas algákat nem lehet eltávolítani. Ha csökkentjük a tápanyagtartalmat, akkor a többi növény is szenvedni fog. Sajnos a fonalas alga, akkor is remekül érzi magát mikor a növényeink nem. A tó nyílt rendszer, ahol nem befolyásolhatjuk a napfény intenzitását, a víz hőmérsékletét és a tápanyagok vízbe jutását. A növények meg tudják akadályozni az algák növekedését zárt rendszerben, például akváriumban, de a tó nyílt rendszerű, ilyen feltételeket itt nem lehet biztosítani. A fonalas algákat hatékonyan csak speciális készítményekkel lehet a leghatásosabban eltávolítani.
